免疫系统由机体多个器官一起共同协调运作，是机体防御疾病与感染的强盛军队，那么免疫系统的各个器官具体的工作是什么呢？
家禽免疫器官分为中枢免疫器官和外周免疫器官。中枢免疫器官是各类免疫细胞发生、分化、发育和成熟的场所。外周免疫器官是淋巴细胞和其他免疫细胞定居、增殖以及产生免疫应答的场所。
中枢免疫器官
胸腺 ：把来自骨髓的多功能干细胞增殖分化为成熟的T细胞，然后迁至外周免疫器官的胸腺依赖区定居，参与细胞免疫反应。当某种抗原进入机体时，T细胞与B细胞同时做出免疫应答，B细胞应答产物是特异抗体，T细胞应答产物是效应细胞，两者相辅相成，共同消灭抗原。
法氏囊：Ｂ细胞发育和分化的主要场所，也是免疫球蛋白基因分化及基础抗体库形成和扩展所必需的。它们对维持机体终生的体液免疫功能很重要。若疾病或人为原因破坏了法氏囊，就会引起不同程度的B细胞缺陷，以及血清IgG、lgA水平的显著下降和体液免疫的严重抑制。破坏越早，危害越大。
骨髓：是造血器官，也是重要的免疫器官。骨髓能产生一种特殊的细胞，叫“多功能干细胞”，它随血液运行到机体不同部位，就分化为不同的免疫细胞，体内所有一切免疫细胞均由它分化而成。此外，骨髓本身也是某些免疫细胞的场所，尤其是法氏囊和胸腺退化后，是淋巴细胞自我更新的成年形干细胞的主要来源。
外周免疫器官
脾脏：主要参与免疫应答，形成针对血液中抗原的抗体。
肠道淋巴组织：包括法氏囊(中枢免疫器官)、粘膜的弥散性淋巴浸润、盲肠扁桃腺、Meckel氏憩室和Peyer氏淋巴集结。盲肠扁桃体是法氏囊退化后接替其外周免疫功能的淋巴器官。雏鸡的Meckel氏憩室和Peyer氏集结主要对肠道抗原进行吸收处理，并产生大量浆细胞。
壁旁淋巴细胞：鸡的眼旁和壁旁区有几处淋巴组织集结，其中以间质内浸润了大量浆细胞的外分泌性哈德氏腺(即副泪腺)为重要，它负责眼眶、壁和上呼吸道的局部免疫。
由此可见，动物的医生是自己体内的免疫系统。只有免疫系统正常运行，机体才会强健，才能有效抵抗大多数疾病的侵袭。
