1.出雏前阶段

种蛋的蛋壳已进化成为能够抵御微生物入侵的一道壁垒。然而，保护蛋壳的角质层可能会被降解，这会导致微生物穿透蛋壳侵入到种蛋内部。从管理的角度来看，这种情况可能会发生于种蛋刚产出后、处于产蛋箱时、用传送带输送时或处于集蛋平台上时。因此，微生物依然可能会以不同于其在哺乳动物中的方式从母鸡垂直传播给雏鸡。致病微生物如沙门氏菌、大肠杆菌、支原体和弯曲杆菌都可以在家禽中进行垂直传播。对沙门氏菌和支原体进行的研究表明细菌可以存在于家禽的卵巢内，于是有人认为有益微生物也可以发生垂直传播的假设似乎也是合理的。我们通过解剖母鸡的生殖道可以发现，胚胎很可能在蛋壳形成之前就已接触了微生物。在胚胎发育过程中，微生物很有可能已在胚胎的肠道内定植了，特别是当胚胎开始摄取羊水时。另外，如果微生物出现在卵黄囊中，那么它们可能在胚胎发育过程中，在卵黄囊回缩入肠道后被带入体内。胚胎感染细菌不一定是致命的，事实上在筛选致病菌株时就是用微生物对鸡胚进行攻毒。有报道称，在家禽胚胎中发现了活的细菌，不过分子检测已证实这些微生物的多样性很低，这表明它们是家禽肠道中的早期菌群)。人们在胚胎中检测到与梭菌属、丙酸杆菌属和乳酸杆菌属相关的菌种，这表明这些微生物可能是从由母鸡垂直传播给雏鸡的，即使在商品化生产条件下这种情况也会发生。

2.育雏期

雏鸡出雏后会立即接触周围环境中的微生物。商用种蛋孵化器是雏鸡污染微生物的一个源头，这使得它们在含有可能不具有共生效应的微生物的环境中出雏。雏鸡的进食和饮水也会导致更多的微生物被快速地摄入体内。事实上，抓捕、运输和接种疫苗的过程均有助于商业化生产条件下的家禽的肠道微生物菌群发生变化。在雏鸡被运送至家禽养殖场的那一刻，其肠道中已有了一个有明显结构特性的微生物菌群。肠道微生物菌群的这种构建形成十分迅速，并且幼龄雏鸡肠道中的菌种在育成期结束时可能仍然存在。因此，这会提出一个特别严峻的问题，即雏鸡肠道中早期定植的菌群(如沙门氏菌和弯曲杆菌)在食品安全上是否也具有十分重要的意义。许多研究表明食源性病原体容易在雏鸡出雏后的第1周在雏鸡肠道中定植成功，因为此时雏鸡肠道环境正处于迅速变化之中，内部的微生物菌群缺乏多样性且极不稳定。

在采用厚垫料的家禽养殖场，雏鸡将暴露于高度多样化的环境中，这会大大增加雏鸡肠道内微生物菌种的数量。在此期间，幼龄雏鸡盲肠微生物菌群组成相对简单，且与小肠中的微生物菌群组成非常相似，这表明肠道尚未在空间环境上形成各种间隔。在3日龄时，雏鸡的回肠微生物菌群大部分是周围环境中的细菌，特别是当雏鸡采用厚垫料饲养时等；然而，7日龄雏鸡的回肠黏膜微生物以乳酸杆菌为主，其次为未分类的毛螺菌和肠球菌。2周龄后，雏鸡的盲肠和小肠微生物发育成有明显差异的菌群。这可能要归功于肠道空间环境的成熟，包括pH、气体(O2、CO2和H2)、表面活性剂、渗透压、底物和细菌代谢物[如短链脂肪酸的差异。

3.生长期

现有的许多报道都揭示了生长期鸡回肠微生物菌群的组成。 例 如 Nakphichit等发现，在生长期雏鸡的小肠中，乳酸杆菌的含量丰富，自21日龄开始至42日龄，乳酸杆菌的多样性不断增加。21日龄时，唾液乳杆菌、约氏乳杆菌、罗伊氏乳杆菌、口乳杆菌和卷曲乳杆菌出现在雏鸡小肠中。3周后，格氏乳杆菌、L. equi、唾液乳杆菌、脆弱乳杆菌、鸟乳杆菌、约氏乳杆菌和罗伊氏乳杆菌大量出现在小肠中。这些研究表明，虽然乳杆菌是小肠微生物菌群的主导细菌，但随着家禽年龄的增长，一系列菌种和菌株会出现在肠道中。相反，使用传统培养技术进行的研究发现了一个由链球菌、葡萄球菌、乳酸杆菌、大肠杆菌、真杆菌、丙酸杆菌和梭菌组成的肠道菌落，这说明了利用传统平板培养方法研究肠道菌群组成存在一定的局限性。Lu等发现，肉鸡回肠中梭状芽孢杆菌的数量自育雏期开始至生长期不断增加，并且在育成期结束时达到丰度。